L'incertezza rappresenta la forbice dell'intervallo di confidenza in riferimento al risultato ottenuta dalla stima delle emissioni dell'evento. Il valore viene calcolato seguendo le linee guida delineate nel "GHG Protocol guidance on uncertainty assessment in GHG inventories and calculating statistical parameter uncertainty".
A seconda della completezza del questionario (la risposta risulta completa al 100% quando vengono compilate tutte le domande) il livello di incertezza varia. Se un utente compila tutte le domande il valore dell'incertezza risulterà contenuto (basso). Nel caso in cui l'utente invece risponde parzialmente alle domande il risultato sarà più elevato in quanto il calcolatore effettuerà delle stime per determinare le emissioni dell'evento.